干部人事档案管理部门是各级组织、人事部门领导下的专门从事干部人事档案管理工作的业务部门。国家档案行政管理部门是国家档案管理工作的权力机关，是党中央和国务院的一个直属职能机构，主管全国的档案事业，对全国的档案事业实行统筹规划，组织协调，统一制度，监督和指导。因此，干部人事档案管理部门一方面由干部主管部门直接领导与指导，实行分级管理；另一方面又要在国家档案行政管理部门宏观管理，组织协调下进行工作，认真贯彻执行统一制定的有关的法令、法规及规章制度，接受他们的监督与指导。所以，干部人事档案工作是全国档案工作管理体系的一部分。
至于干部人事档案管理部门与本机关的档案管理部门的关系则有所不同，两者是平行的具体业务部门，相互之间是协作关系，在档案保护技术、档案的保管等方面，可以协商解决共同性的问题。比如，干部人事档案中的死亡干部档案，须定期移交机关档案部门（处或室），干部人事档案管理部门对移交准备工作，要多征求机关档案部门的意见，共同做好这项工作。
