由于档案数字化管理在我国还属于新兴事物，并且在目前我国生产力水平不高，科学技术相对落后的条件下，数字化档案管理还存在着这样和那样的问题，主要有四个方面的障碍。
（一）电子文件与纸质文件的“双套制”保存，造成资源浪费。“双套制”保存是指将具有相同内容的纸质文件和电子文件一并保存。在一些单位的办公自动化网络系统中，各部门在网上传递、承办文件，提高了工作效率。但文件办完后又辅发纸质文件归档保存。这样就形成了相同内容、两种类型的文件并发、保存的局面，造成人力、物力、财力的浪费，势必影响电子文件的广泛应用和档案事业的进一步发展。
（二）办公自动化系统与档案管理系统不兼容，各自为政，给电子文件归档达成困难。据了解，目前很多大型企业都采用了以电子计算机及网络技术为基础的办公自动化系统，这一系统绝大部分是由本单位或上级主管部门设计的软件，而同一单位的档案室使用的档案管理系统则是档案行政管理部门为使档案现代化管理标准化、规范化、实现资源共享而推广的档案现代化管理软件。由于这两套系统设计单位不同，不同软件环境下形成的数据难以转换，无法进行电子文件归档，因而给原始数据的收集和录人造成了一定的困难。
（三）电子文件的不安全因素，影响了对它的管理和长期保存。电子文件具有操作方便、传递快捷、存储空间小等突出优点，但也会带来一定的不安全因素。如电子文件对软硬件设备的依赖、不能直读、易更改、信息与载体相分离、数据丢失、病毒侵害等。这些都给电子文档的安全保管和长期保存带来很大威胁。
（四）数字化档案的利用率不高，给企业的现代化进程造成障碍。虽然办公自动化系统推行多时，但很多单位并没有把提高电子文件管理意识当成一项紧迫的任务来抓，人们仍延续传统观念和管理模式，对文档的借阅和检索都由人工来完成，计算机在整个过程中的应用仅限干文字录人、编辑和打印，成厂名副其实的“高档打字机”。人们只看到伸手可及的有限的档案，而忽略了以网络形式传递的浩瀚的资料宝库，不仅消耗了人力物力，而且使得电子文档由干没有得到合理的开发利用而造成双重的浪费。
如果进一步剖析企业档案管理数字化障碍的根源，便会后楚地看到主要表现在以下几个问题上：一是缺乏信息化网络平台，没有形成标准统一的数据库系统和信息共享机制；二是各系统（人事、财务、业务）条块分割，信息资源共享水平不高，电子管理意识薄弱；三是电子文件的管理不规范、制度不健全，安全性上存在隐患。
