一般情况下，归档文件整理大致需要收集文件、区分归档范围、分年度、分类别、分级别、分保管期限、修整文件、装订、排列文件、文件编号、编制归档文件目录、装盒等程序。
一、收集文件
收集文件，就是根据党和国家的有关规定，通过一定的方式和手续，把散存在机关内部和个人手中的文件材料，加以清交、聚集的工作，是确保整理工作质量的前提条件和物质基础。收集齐全完整为其基本原则。
二、区分归档和不归档材料的范围
（一）归档文件材料的范围
凡是反映本机关工作活动、具有查考利用价值的文件材料均属归档范围。
1、反映本机关主要职能活动和基本历史面貌的，对本机关工作、国家建设和历史研究具有利用价值的文件材料。
2、机关工作活动中形成的在维护国家、集体和公民权益等方面具有凭证价值的文件材料。
3、本机关需要贯彻执行的上级机关、同级机关的文件材料；下级机关报送的重要文件材料。
4、其他对本机关工作具有查考价值的文件材料。
（二）不归档文件材料的范围
1、上级机关的文件材料中，普发性不需本机关办理的文件材料，任免、奖惩非本机关工作人员的文件材料，供工作参考的抄件等。
2、本机关文件材料中的重份文件，无查考利用价值的事务性、临时性文件，一般性文件的历次修改稿、各次校对稿，无特殊保存价值的信封，不需办理的一般性人民来信、电话记录，机关内部互相抄送的文件材料，本机关负责人兼任外单位职务形成的与本机关无关的文件材料，有关工作参考的文件材料。
3、同级机关的文件材料中，不需贯彻执行的文件材料，不需办理的抄送文件材料。
4、下级机关的文件材料中，供参阅的简报、情况反映，抄报或越级抄报的文件材料。
（三）机关之间分工归档的范围
为避免各机关档案移交档案馆后文件材料的重复或遗漏，各单位之间必须明确的归档范围。
1、上级业务主管机关（部、厅、局）发来的文件，由隶属下级机关归档，党委、政府办公室和非隶属机关一般不归档。但对一些需要执行的政策性、法规性文件应归档。如干部管理条例、劳动工资规定、生活待遇标准等文件。
2、上级业务主管机关召开的专业会议文件，由各隶属下级机关归档，党委、政府办公室一般不归档。如党委或政府领导参加了这类会议，并有重要发言，其印件和定稿（指领导发言稿）由党委或政府办公室归档。
3、机关联合召开会议、联合行文所形成的文件材料原件由主办机关归档，其他机关将相应的复制件或其他形式的副本归档。
4、本机关领导人兼任外机关职务而形成的文件材料，由兼职单位负责归档。
5、临时机构形成的文件，由临时机构负责归档，工作结束后，将档案移交主管部门或同级档案馆。
三、分年度
分年度，就是区分文件材料的所属年度，把属于同一年度的文件集中，把不同年度的文件分开。现行机关的归档文件整理工作，是按年度分开进行的，不同年度的文件一般不得放在一起归档。
（一）一般文件，归入文件制发年度（指文件最后的落款日期）
（二）跨年度的文件，归入文件内容所针对的年度
四、分类别
分类别，就是根据本机关文件的来源、时间、内容和形式上的异同，按照一定的方法，分成若干类别的过程。可分为组织机构分类法和问题分类法。
组织机构分类法，就是将归档文件材料按其形成或承办部门进行分类。也就是按照立档单位的内设机构，将整个全宗内的文件材料分成若干类别的方法。机关内有几个机构，就设几个类，机构名称，就是类名。
问题分类法，就是按照全宗内文件材料所记述和反映的问题分类的方法，即将记述和反映同一问题的文件集中，记述和反映不同问题的文件分开。
五、分级别
分级别，就是在保持文件之间有机联系的基础上，将上级机关、本机关、同级机关与不相隶属机关和下级机关的文件材料分开整理。但对联系密切的文件，如请示与批复等，不能为了分级别而将其分割开。
六、划分保管期限
机关文书档案的保管期限定为永久、定期两种。定期一般分为30年、10年。
永久保管的文书档案主要包括： （一）本机关制定的法规政策性文件材料；（二）本机关召开重要会议、举办重大活动等形成的主要文件材料； （三）本机关职能活动中形成的重要业务文件材料； （四）本机关关于重要问题的请示与上级机关的批复、批示，重要的报告、总结、综合统计报表等； （五）本机关机构演变、人事任免等文件材料； （六）本机关房屋买卖、土地征用，重要的合同协议、资产登记等凭证性文件材料； （七）上级机关制发的属于本机关主管业务的重要文件材料； （八）同级机关、下级机关关于重要业务问题的来函、请示与本机关的复函、批复等文件材料。
定期保管的文书档案主要包括：（一）本机关职能活动中形成的一般性业务文件材料；（二）本机关召开会议、举办活动等形成的一般性文件材料；（三）本机关人事管理工作形成的一般性文件材料；（四）本机关一般性事务管理文件材料；（五）本机关关于一般性问题的请示与上级机关的批复、批示，一般性工作报告、总结、统计报表等；（六）上级机关制发的属于本机关主管业务的一般性文件材料；（七）上级机关和同级机关制发的非本机关主管业务但要贯彻执行的文件材料；（八）同级机关、下级机关关于一般性业务问题的来函、请示与本机关的复函、批复等文件材料；（九）下级机关报送的年度或年度以上计划、总结、统计、重要专题报告等文件材料。
七、修整文件
为使档案能够长期保存和有效利用，装订之前必须对归档文件材料逐件进行检查，凡不符合要求的都要进行修整。修整的方法主要有：
1、修裱破损文件。
2、复制字迹模糊或易褪变的文件。
3、去除易锈蚀的金属物。
4、超大纸张折叠。
八、装订
1、归档文件应以“件”为单位逐件进行装订。
2、装订时，正本在前，定稿在后；正文在前，附件在后；原件在前，复制件在后；批转或转发文件在前，被批转或转发文件在后；收文处理阅办单在前，正式文件在后；来文和复文作为一件时，复文在前，来文在后；汉文本在前，少数民族文本在后；中文本在前，外文本在后（有特殊规定除外）；重要法规性文件的历次修改稿依次排列在定稿之后，出版期刊，样本在前，定稿在后。
3、装订时，左侧装订，应将“件”内的各页右侧与下侧（底边）对齐。
九、排列文件
排列文件，就是根据事由或文件形成时间确定全宗内归档文件先后顺序的过程。
十、文件编号
归档文件编号，指将归档文件在全宗中的位置，标识为符号，并以归档章的形式在归档文件上注明。
归档章一般加盖在每份文件的首页上端居中空白位置。项目有全宗号、年度、保管期限、件号、页数、类别名称（机构或问题）等。
十一、编制归档文件目录
编制归档文件目录为档案保管、鉴定、检索、统计、编研等工作的开展提供基本条件，对其所列项目应逐项认真准确地填写。
要注意的是：
（1）报表的责任者，应填写填报单位；
（2）联合发文，责任者只填写主办单位；
（3）问文与复文作为一件时，责任者只填写复文单位即可；
（4）文件上没有题名或文件题名不能反映文件实质性内容的，可根据实际情况自拟题名，外加方括号[ ]填写；
（5）文件题名中以发文字号代替文件内容的，应据文件内容补充题名。
十二、装盒
装盒，就是将归档文件按照其保管期限和室编件号的顺序依次装入盒内，并填写档案盒封面、盒脊和备考表项目等。
