机关档案的鉴定销毁工作必须依据国家有关的法律法规执行。《档案法》第三章第十五条规定“鉴定档案保存价值的原则、保管期限的标准以及销毁档案的程序和办法，由国家档案行政管理部门制定”，《机关档案工作条例》第十七条规定“机关应定期对已超过保管期限的档案进行鉴定”，“鉴定工作结束后，应提出工作报告，对确无保存价值的档案进行登记造册，经机关领导人批准后销毁”。
销毁档案的程序是：
1、编制销毁清册。鉴定小组（在机关分管负责人的领导下，由档案部门和有关业务部门的人员共同组成）经过鉴定，对无保存价值的档案编制销毁清册，它是日后查找档案销毁情况的凭据。销毁清册的封面需设置全宗号、销毁档案的数量、鉴定小组负责人的签字及时间、批准人的签字及时间、两个监销人的签字及销毁时间等项目。清册中档案销毁登记表要设置序号、文件题名、所属年度、档号、应保管期限、已保管期限、文件页数、备注等栏目，准确揭示每一份销毁文件的内容和成分，供领导人审查。
2、拟订鉴定报告，提出销毁意见。报告中对需销毁档案的数量及内容作简要介绍，并提出销毁意见、陈述销毁原因。
3、机关分管负责人审批。
4、销毁。领导批准后，一般由二人将需要销毁的档案送往指定的造纸厂做原料，数量较少的亦可自行焚毁，不须当作其他用途，更不许出卖。无论采用什么方法，必须指定两人以上监销，确已销毁后，监销人须在销毁清册上注明“已销毁”字样、销毁日期和签字，以示负责。
5、未批准销毁的档案，要拿出继续保存。
情况特殊的专门档案，销毁时还要遵照有关规定执行。如会计档案的销毁工作，就要按照财政部和国家档案局于1998年联合下发的《会计档案管理办法》执行，具体程序是：
（1）由本单位档案机构会同会计机构提出销毁意见，编制销毁清。
（2）单位负责人在会计档案销毁清册上签署意见。
（3）销毁时，应由档案机构和会计机构共同派员监销。国家机关销毁会计档案时，应由同级财政部门、审计部门派员监销。财政部门销毁会计档案时，应由同级审计部门派员参加监销。
（4）监销人在销毁会计档案前，应当按照时会计档案销毁清册所列内容清点核对所要销毁的会计档案；销毁后，应当在会计档案销毁清册上签名盖章，并将监销情况报告本单位负责人。
