1.电子文件的整理。它是指按照一定的原则和方法，将收集积累的电子文件分门别类进行清理，为归档做好准备的工作。电子文件整理包括两个层次：一是对分类、排序的组织。就是将磁性载体传递的零散的、杂乱的电子文件通过分类、标引、组合，使电子文件存储格式处于一种有序状态。文件名称、文件号、分类和隶属编号等电子文件的著录标引应由归档人员来完成。著录标引在整理工作中占有重要地位，其质量好坏，将直接影响未来的电子档案保管和利用。在整理过程中，可能会遇到文件格式重新编排和重新组合。这种格式转换有可能损伤数据，损害作为证据的电子文件的真实性。但随着技术的发展，不断解决这一格式转换问题，并保证电子文件的真实性、完整性，是归档人员和档案管理部门整理电子档案的一项重要内容。二是组织建立数据库。主要工作内容：首先是对电子文件进行分类和编号。一个单位的电子文件类别是多种多样的，对这些电子文件要进行分门别类地管理，就要进行科学的分类。要按门类划分要求，结合本单位的专业和电子文件内容制定分类编号方案。分类编号就是按照分类编号方案的规定对电子文件进行划分，并给每份电子文件一个固定的唯一的号码，从而使全部电子文件成为一个有机的整体。其次对电子文件的登记。电子文件的整理是未来的电子档案管理和利用等工作的基础。
与纸质文件相比较，电子文件在数据库中是以虚拟形式存在的，经过对电子文件的科学整理、构成有序的虚拟状态，通过检索，可以提取电子文件并在计算机屏幕上显示出来，数据库是存、取电子文件的“虚拟文件库”。特别说明的是，无论在任何条件环境下，都要拷贝一套保存，并对这套的软、硬件环境作说明。有些必须以纸质文件存在时，可输出纸质文件保存。
2.电子文件的归档。电子文件的归档是将应归档的经过整理的电子文件，确定档案属性后，从计算机或网络的存贮器上拷贝或刻录到可移动的磁、光介质上以便长期保存的工作过程。不同环境条件产生的电子文件其归档的方法是不同的，如果是网络，可按要求转到档案数据库或记有归档的标识。如果是载体传递归档，就要做一些档案数据库或记有归档的标识。如果是载体传递归档就要做一些辅助和认证工作，要与纸质文件结合归档。归档工作的主要内容有：
(1)确定电子文件的归档范围，是归档的首要任务，也是保证电子档案质量的关键。
(2)明确归档时间。电子文件的归档一般在年度或任务完成后，或一个阶段之后的一段时间内进行归档(称阶段归档)，可视其具体情况而定。因涉及到电子文件的技术环境条件，存贮介质的质量、寿命等问题，一般以不超过2-3个月为宜。
(3)归档份数。一般拷贝二套，保存一套，借阅一套。即使在网上进行，也要保存一套。必要时应保存两套，其中一套异地保存。这样可以大大提高安全性和可行性。
(4)对电子文件归档的要求，主要是真实、完整，达到档案的功能价值。要做到这一点，首先遵从归档各阶段的规定、标准，如积累、鉴定等环节的规定、标准；其次是准确说明配套的软、硬件环境；第三是归档电子文件格式尽可能的通用、标准。
(5)归档方法。一是将最终版本的应归档的经过整理的电子文件存入磁、光介质上。二是压缩归档，采用数据压缩工具对网络上应归档的经过整理的电子文件，进行压缩，然后刻入磁、光介质上。但采用压缩工具的过程必须统一、规范。三是备份系统归档，一般在局域网或其他网络环境下采用。将确定要归档的电子文件在网上进行一次备份操作，就可将归档的电子文件存放在磁、光介质上。
